本校は，明治14年8月20日旧鳥羽藩士近藤真琴翁より創設された私立の攻玉社分校，鳥羽商船黌をその前身とし，以来町立・県立・国立と所管の移り変わりを経て，昭和42年に鳥羽商船高等専門学校に昇格し，平成16年4月には独立行政法人国立高等専門学校機構鳥羽商船高等専門学校となり，現在に至っています。

昭和60年4月に電子機械工学科が，昭和63年に商船学科及び制御情報工学科が設けられ，平成31年からは，電子機械工学科と制御情報工学科を統合し，同年4月入学生より，商船系の「商船学科」，工学系の「情報機械システム工学科」の2学科となっています。

また，平成17年4月には専攻科が設置され，

• 商船学科を基礎とする「海事システム学専攻」
• 電子機械工学科と制御情報工学科を基礎とする「生産システム工学専攻」

の２専攻があります。